MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Crinalium epipsammum PCC 9333 plasmid pCRI9333.06

Total Repeats: 439

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019755	ACT	2	6	77	82	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428308219
2	NC_019755	TGC	2	6	101	106	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428308219
3	NC_019755	GCTG	3	12	128	139	0 %	25 %	50 %	25 %	428308219
4	NC_019755	ACT	2	6	201	206	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428308219
5	NC_019755	AGCC	2	8	337	344	25 %	0 %	25 %	50 %	428308219
6	NC_019755	TAG	2	6	361	366	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428308219
7	NC_019755	AAG	2	6	388	393	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	428308219
8	NC_019755	AGA	2	6	518	523	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	428308219
9	NC_019755	CAATCA	2	12	531	542	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	428308219
10	NC_019755	ATGT	2	8	681	688	25 %	50 %	25 %	0 %	428308219
11	NC_019755	CCA	2	6	720	725	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	428308219
12	NC_019755	TTA	2	6	783	788	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	428308219
13	NC_019755	TAA	2	6	800	805	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428308219
14	NC_019755	TGG	2	6	1069	1074	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	428308220
15	NC_019755	A	6	6	1130	1135	100 %	0 %	0 %	0 %	428308220
16	NC_019755	AAT	2	6	1144	1149	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428308220
17	NC_019755	T	6	6	1163	1168	0 %	100 %	0 %	0 %	428308220
18	NC_019755	ATT	2	6	1173	1178	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	428308220
19	NC_019755	AAT	2	6	1185	1190	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428308220
20	NC_019755	TCA	2	6	1204	1209	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428308220
21	NC_019755	TTA	2	6	1901	1906	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	428308221
22	NC_019755	TA	3	6	1905	1910	50 %	50 %	0 %	0 %	428308221
23	NC_019755	CTC	2	6	2084	2089	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	428308221
24	NC_019755	AGG	2	6	2104	2109	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	428308221
25	NC_019755	CAAAGA	2	12	2190	2201	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	428308222
26	NC_019755	TGG	2	6	2295	2300	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	428308222
27	NC_019755	TA	3	6	2310	2315	50 %	50 %	0 %	0 %	428308222
28	NC_019755	A	6	6	2332	2337	100 %	0 %	0 %	0 %	428308222
29	NC_019755	AAG	2	6	2356	2361	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	428308222
30	NC_019755	ATT	2	6	2363	2368	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	428308222
31	NC_019755	ACT	2	6	2369	2374	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428308222
32	NC_019755	TGA	2	6	2487	2492	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428308222
33	NC_019755	A	6	6	2497	2502	100 %	0 %	0 %	0 %	428308222
34	NC_019755	T	6	6	2561	2566	0 %	100 %	0 %	0 %	428308222
35	NC_019755	ACA	2	6	2623	2628	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	428308222
36	NC_019755	ACT	2	6	2663	2668	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428308222
37	NC_019755	TA	3	6	2729	2734	50 %	50 %	0 %	0 %	428308222
38	NC_019755	TTA	2	6	2741	2746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	428308222
39	NC_019755	GTG	2	6	2769	2774	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	428308222
40	NC_019755	ACA	2	6	2924	2929	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	428308222
41	NC_019755	CAG	2	6	2976	2981	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428308222
42	NC_019755	GAA	2	6	2983	2988	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	428308222
43	NC_019755	A	6	6	2996	3001	100 %	0 %	0 %	0 %	428308222
44	NC_019755	A	6	6	3098	3103	100 %	0 %	0 %	0 %	428308222
45	NC_019755	GCT	2	6	3112	3117	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428308222
46	NC_019755	TAC	2	6	3215	3220	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428308222
47	NC_019755	ATT	2	6	3294	3299	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	428308222
48	NC_019755	ACT	2	6	3301	3306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428308222
49	NC_019755	GAA	2	6	3364	3369	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	428308222
50	NC_019755	A	6	6	3412	3417	100 %	0 %	0 %	0 %	428308222
51	NC_019755	CAG	2	6	3463	3468	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428308222
52	NC_019755	AAG	2	6	3476	3481	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	428308222
53	NC_019755	AAT	2	6	3544	3549	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428308222
54	NC_019755	CAAT	2	8	3564	3571	50 %	25 %	0 %	25 %	428308222
55	NC_019755	GAT	2	6	3577	3582	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428308222
56	NC_019755	AGA	2	6	3588	3593	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	428308222
57	NC_019755	ACT	2	6	3628	3633	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428308222
58	NC_019755	GAT	2	6	3745	3750	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428308222
59	NC_019755	CAT	2	6	3846	3851	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428308222
60	NC_019755	CAAC	2	8	3862	3869	50 %	0 %	0 %	50 %	428308222
61	NC_019755	TTA	2	6	3994	3999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	428308222
62	NC_019755	GAC	2	6	4021	4026	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428308222
63	NC_019755	ATT	2	6	4068	4073	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	428308222
64	NC_019755	TGA	2	6	4077	4082	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428308222
65	NC_019755	AAAT	2	8	4119	4126	75 %	25 %	0 %	0 %	428308222
66	NC_019755	A	6	6	4255	4260	100 %	0 %	0 %	0 %	428308222
67	NC_019755	CCA	2	6	4317	4322	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	428308222
68	NC_019755	AGTT	2	8	4460	4467	25 %	50 %	25 %	0 %	428308222
69	NC_019755	GAC	2	6	4528	4533	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428308222
70	NC_019755	GAC	2	6	4549	4554	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428308222
71	NC_019755	ATC	2	6	4566	4571	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428308222
72	NC_019755	ATA	2	6	4589	4594	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428308222
73	NC_019755	TTA	2	6	4597	4602	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	428308222
74	NC_019755	A	6	6	4712	4717	100 %	0 %	0 %	0 %	428308222
75	NC_019755	CTA	2	6	4802	4807	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428308222
76	NC_019755	TGA	2	6	4845	4850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428308222
77	NC_019755	CA	3	6	4968	4973	50 %	0 %	0 %	50 %	428308222
78	NC_019755	GTA	2	6	5008	5013	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428308222
79	NC_019755	AGT	2	6	5016	5021	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428308222
80	NC_019755	A	6	6	5023	5028	100 %	0 %	0 %	0 %	428308222
81	NC_019755	AAG	2	6	5044	5049	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	428308222
82	NC_019755	TC	3	6	5198	5203	0 %	50 %	0 %	50 %	428308223
83	NC_019755	AGC	2	6	5258	5263	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428308223
84	NC_019755	AGCA	2	8	5321	5328	50 %	0 %	25 %	25 %	428308223
85	NC_019755	GTCAAA	2	12	5357	5368	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	428308223
86	NC_019755	CTGA	2	8	5377	5384	25 %	25 %	25 %	25 %	428308223
87	NC_019755	GA	3	6	5390	5395	50 %	0 %	50 %	0 %	428308223
88	NC_019755	TGT	2	6	5438	5443	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	428308223
89	NC_019755	ATCAA	2	10	5478	5487	60 %	20 %	0 %	20 %	428308223
90	NC_019755	TGCCT	2	10	5490	5499	0 %	40 %	20 %	40 %	428308223
91	NC_019755	CT	3	6	5521	5526	0 %	50 %	0 %	50 %	428308223
92	NC_019755	GGTC	2	8	5529	5536	0 %	25 %	50 %	25 %	428308223
93	NC_019755	AT	4	8	5551	5558	50 %	50 %	0 %	0 %	428308223
94	NC_019755	CTTG	2	8	5635	5642	0 %	50 %	25 %	25 %	428308223
95	NC_019755	TGC	2	6	5647	5652	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428308223
96	NC_019755	ATAG	2	8	5660	5667	50 %	25 %	25 %	0 %	428308223
97	NC_019755	CTA	2	6	5719	5724	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428308223
98	NC_019755	AAT	2	6	5775	5780	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428308223
99	NC_019755	CAA	2	6	5822	5827	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	428308223
100	NC_019755	TGT	2	6	5851	5856	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	428308223
101	NC_019755	TAA	2	6	5884	5889	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428308223
102	NC_019755	A	6	6	6007	6012	100 %	0 %	0 %	0 %	428308224
103	NC_019755	AGC	2	6	6068	6073	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428308224
104	NC_019755	TGG	2	6	6075	6080	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	428308224
105	NC_019755	TGC	2	6	6093	6098	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428308224
106	NC_019755	CTTT	2	8	6119	6126	0 %	75 %	0 %	25 %	428308224
107	NC_019755	CTA	2	6	6170	6175	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428308224
108	NC_019755	TAAG	2	8	6200	6207	50 %	25 %	25 %	0 %	428308224
109	NC_019755	TGA	2	6	6240	6245	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428308224
110	NC_019755	AGA	2	6	6282	6287	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	428308224
111	NC_019755	AGT	2	6	6336	6341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428308224
112	NC_019755	GTA	2	6	6484	6489	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428308224
113	NC_019755	CTAGAA	2	12	6508	6519	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	428308224
114	NC_019755	CAC	2	6	6575	6580	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	428308224
115	NC_019755	AGAA	2	8	6591	6598	75 %	0 %	25 %	0 %	428308224
116	NC_019755	AGC	3	9	6606	6614	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428308224
117	NC_019755	TAG	2	6	6632	6637	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428308224
118	NC_019755	ACG	2	6	6673	6678	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428308224
119	NC_019755	CAA	2	6	6709	6714	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	428308224
120	NC_019755	CAC	2	6	6741	6746	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	428308224
121	NC_019755	CTTT	2	8	6780	6787	0 %	75 %	0 %	25 %	428308224
122	NC_019755	A	6	6	6799	6804	100 %	0 %	0 %	0 %	428308224
123	NC_019755	TTGG	2	8	6818	6825	0 %	50 %	50 %	0 %	428308224
124	NC_019755	CAAA	2	8	7408	7415	75 %	0 %	0 %	25 %	428308225
125	NC_019755	TGA	2	6	7463	7468	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428308225
126	NC_019755	T	6	6	7475	7480	0 %	100 %	0 %	0 %	428308225
127	NC_019755	TAA	2	6	7500	7505	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428308225
128	NC_019755	AGTC	2	8	7588	7595	25 %	25 %	25 %	25 %	428308225
129	NC_019755	TAG	2	6	7659	7664	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	428308225
130	NC_019755	TAGAT	2	10	7728	7737	40 %	40 %	20 %	0 %	428308225
131	NC_019755	AAC	2	6	7739	7744	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	428308225
132	NC_019755	TAA	2	6	7790	7795	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428308225
133	NC_019755	TCT	2	6	7842	7847	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428308225
134	NC_019755	TTG	2	6	7940	7945	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	428308225
135	NC_019755	AGTG	2	8	7957	7964	25 %	25 %	50 %	0 %	428308225
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265	NC_019755	TCG	2	6	18809	18814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428308232
266	NC_019755	CGT	2	6	18910	18915	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428308232
267	NC_019755	TTC	2	6	18968	18973	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428308232
268	NC_019755	TTC	2	6	19123	19128	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428308232
269	NC_019755	TCT	2	6	19259	19264	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428308232
270	NC_019755	TGC	2	6	19270	19275	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428308232
271	NC_019755	GTT	2	6	19344	19349	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	428308232
272	NC_019755	CAT	2	6	19407	19412	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428308232
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284	NC_019755	C	6	6	20000	20005	0 %	0 %	0 %	100 %	428308233
285	NC_019755	T	6	6	20071	20076	0 %	100 %	0 %	0 %	428308233
286	NC_019755	GTC	2	6	20125	20130	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428308233
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288	NC_019755	CAT	2	6	20270	20275	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428308233
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297	NC_019755	TCT	2	6	20828	20833	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428308234
298	NC_019755	CAGC	2	8	20934	20941	25 %	0 %	25 %	50 %	428308234
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387	NC_019755	AAG	2	6	25850	25855	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	428308239
388	NC_019755	AGCCA	2	10	25879	25888	40 %	0 %	20 %	40 %	428308239
389	NC_019755	ATC	2	6	25979	25984	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428308239
390	NC_019755	AAT	2	6	25998	26003	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428308239
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392	NC_019755	GCG	2	6	26114	26119	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	428308239
393	NC_019755	AC	3	6	26758	26763	50 %	0 %	0 %	50 %	428308240
394	NC_019755	ACCA	2	8	26765	26772	50 %	0 %	0 %	50 %	428308240
395	NC_019755	AAT	2	6	26784	26789	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	428308240
396	NC_019755	GCA	2	6	26815	26820	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428308240
397	NC_019755	ATC	3	9	26823	26831	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	428308240
398	NC_019755	ACCA	2	8	26847	26854	50 %	0 %	0 %	50 %	428308240
399	NC_019755	TGC	2	6	26865	26870	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428308240
400	NC_019755	TTA	2	6	26944	26949	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	428308240
401	NC_019755	GCA	2	6	26977	26982	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	428308240
402	NC_019755	CGG	2	6	27083	27088	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	428308240
403	NC_019755	TCT	2	6	27149	27154	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428308240
404	NC_019755	TTC	2	6	27175	27180	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428308240
405	NC_019755	TTG	2	6	27201	27206	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	428308240
406	NC_019755	CTG	2	6	27219	27224	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	428308240
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413	NC_019755	T	6	6	27724	27729	0 %	100 %	0 %	0 %	428308240
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430	NC_019755	T	6	6	28254	28259	0 %	100 %	0 %	0 %	428308240
431	NC_019755	AG	3	6	28297	28302	50 %	0 %	50 %	0 %	428308240
432	NC_019755	TTC	2	6	28314	28319	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	428308240
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.